На початку серпня 1941 року з офіційним візитом до Львова прибуває Ганс Франк, голова Генеральної губернії, аби проголосити Львів столицею дистрикту Галичина. Цей візит губернатора ретельно документується, і після нього залишається багато фотодокументів.
На одній зі світлин хлібом-сіллю генерал-губернатора вітає делегація львівської ратуші, де розташовується міська Управа Львова, яку очолює Юрій Полянський. Ось як описувала ці події газета "Нова доба" від 24 серпня 1941 року, що виходила в Берліні (зі збереженням оригінальної орфографії):
На основі наказів Фірера Адольфа Гітлєра з 17. і 22. 7. ц. р. управа Галичини перейшла від німецької військової до цивільної влади, яку з днем 1 серпня ц. р. в год. 12-тій перебрав Генеральний Губернатор мін. Франк. Генеральний Губернатор прибув із почотом до города Льва, де на межі міста під тріюмфальними воротами при вул. Городецькій багато дітей обкидали німецького достойника квітами. Звідтіля Ген. Губернатор від'їхав із почотом до будинку б. галицького сойму, де перейшов перед почесною сотнею поліції. При вході до сойму ждала на мін. д-ра Франка делегація від українського населення під проводом посадника города Львова д-ра Ю. Полянського, який у супроводі двох дівчат у гарних народніх строях привітав Достойного Гостя хлібом-сіллю.
Полянського було обрано головою міської Управи Львова, наряду з урядом Ярослава Стецька, після проголошення створення незалежної української держави 30 червня 1941 року. Але, на відміну від Ярослава Стецька, Юрій Полянський не був заарештований і залишався на цій посаді ще кілька місяців. З першої половини липня 1941 року міська Управа Львова підпорядковувалась німецькій військовій адміністрації, поступово трансформувалась у Міське староство, а українців на керівних посадах з часом витіснили приїжджі чиновники з Райху.
У серпні 1941 року на честь візиту Ганса Франка Юрій Полянський, як голова міської Управи Львова, виступив з промовою, в якій привітав Ганса Франка, висловив подяку нацистам за визволення міста від радянської влади і, від імені української громади, обіцяв губернатору "послух і вірність":
Пане Генеральний Губернаторе!
Маю високу честь як представник українського народу, зокрема міста Львова, привітати у Вашій особі представника нашого визвольника, Фірера Великонімеччини.
Від століть наш поневолений народ має тепер змогу під Вашим проводом піти на зустріч кращому майбутньому.
Ми, українці Галичини, маємо давні й глибокі приязні взаємини з великим німецьким народом, ми за наш подив до німецької культури проливали кров. Якщо ми тепер висловлюємо нашу дяку за визволення Вам, Пане Генеральний Губернаторе, то ця дяка випливає з серця.
Чином, льояльною та радісною співпрацею в німецькому ділі відбудови, що має також уформувати українське майбутнє, бажаємо виявити наші почування.
Прирікаю в імені моїх громадян Вам, Пане Генеральний Губернаторе, як представникові Фірера, послух і вірність.
На посаді бургомістра Юрій Полянський перебував недовго: з 30 червня по 15 вересня 1941 року, коли цю посаду обійняв Ганс Куят. Голова Управи міста Львова був поступово позбавлений реальних повноважень, хоча формальна посада залишилась. Підпис Полянського можна побачити на багатьох документах, зокрема під постановою від 22 липня про створення у Львові Єврейської ради. Однак Юрій Полянський, з огляду на безпосереднє підпорядкування нацистській владі і дуже обмежене коло можливостей, перебуваючи на посаді голови міста, не ініціював і не був виконавцем злочинних наказів.
За освітою Юрій Полянський був географом, геологом та археологом, але за плечима, окрім навчання у Віденському і Львівському університетах, мав службу в Українській галицькій армії, діяльність в Українській військовій організації і викладання в Українському таємному університеті. Його наукова і викладацька діяльність була пов'язана з Науковим товариством імені Тараса Шевченка, Академічною гімназією з українською мовою навчання і Греко-Католицькою Богословською Академією.
З початком радянської окупації Полянський бере активну участь в університетському житті як директор Інституту географії і секретар Вченої ради університету, призначений на ці посади новою владою на протиставлення польській професурі. На відміну від інших колег-українців, яких залучила до наукового життя радянська влада і які своїми політичними переконаннями належали до українських націоналістичних кіл, про Юрія Полянського в польськомовній мемуарній літературі можна знайти якщо не позитивні, то досить нейтральні відгуки. Ось як пише про нього Альфред Ян, його молодший колега з Інституту:
Новий керівник інституту був доброзичливий до поляків […] Ненавидів новий лад і нових прибульців так само, як ми, але мусив це приховувати більше, ніж поляки. У хвилини відвертості казав нам, що йому дуже важко виконувати роль оборонця майже винятково польського інституту (нам дали тільки одного асистента-українця Левицького, теж, зрештою, людини до нас доброзичливої, та одного російського єврея з Києва, Зільбера, з яким невдовзі нам вдалось порозумітися).
За спогадами Тадеуша Томашевського, професора психології, Юрій Полянський ставився до поляків приязно під час і радянської, і нацистської окупації, що дало привід називати його "дуже порядним націоналістом".
З початком німецької окупації і проголошенням незалежної України урядом Ярослава Стецька і ОУН(б) Полянський був призначений на посаду голови Управи міста Львова.
Відтак його призначають директором Природничого музею, і на цій посаді він перебуває фактично до кінця нацистської окупації. З наближенням радянських військ Полянський виїжджає спочатку до Кракова, а потім до Відня, де працює в структурі Українського центрального комітету. Після закінчення Другої світової війни емігрує до Аргентини, де живе і викладає в університеті Буенос-Айреса до кінця свого життя.
Незалежно від того, на якій посаді перебував Юрій Полянський, про нього згадують як про людину, яка намагалась допомогти всім. Перебуваючи на посаді директора Природничого музею, Полянський намагався підтримати професуру в умовах окупації, його підписи стоять під довідками, офіційними листами і різними зверненнями, зокрема на підтримку Максимільяна Гольдштейна і його колекції.
Якщо розглядати діяльність Полянського в ролі бургомістра як політичну співпрацю представника політичної еліти української громади, то ця діяльність підпадає під термін ідеологічної колаборації, тобто колаборації з окупаційною владою задля інтересів майбутньої держави. Якщо розглянути біографію і вчинки Полянського поза його діяльністю на посаді голови Управи Львова — то вживання терміна "колаборація" вже не буде таким однозначним.
Якщо дивитись на історію тільки з погляду боротьби за націю, то довоєнна і післявоєнна біографія Юрія Полянського з його участю у визвольних змаганнях, науковою спадщиною й активною громадською роботою ідеально вписується в образ героя, головною метою якого була боротьба за незалежність. Проблеми починаються з діяльністю Полянського в період війни, оскільки націоналістичний наратив трактує колаборацію тільки в категоріях зради, що приводить або до замовчування і заперечення факту колаборації, або до виправдовування політичної колаборації історичною необхідністю заради шляхетної мети. Цю колізію в біографії колишнього голови Міської управи Львова можна простежити на прикладі фотодокумента, про який згадувалось на початку тексту. Світлина, на якій зображений Юрій Полянський як бургомістр, існує і використовується як основна світлина Полянського на інформаційному порталі Wikipedia. Проблема полягає в тому, що світлина представлена в обрізаному варіанті, де добре видно самого Полянського, але вже відсутні хліб-сіль, дівчата у вишиванках і генерал-губернатор Ганс Франк. Тобто Юрій Полянський — як науковець, військовий і націоналіст — так, а вітання окупаційної влади хлібом-сіллю — ні, бо така поведінка не вписується в ідеальний образ героя.
Насправді історію Юрія Полянського важко зрозуміти в категоріях герой–ворог. Полянський — це зручна людина. Для радянської влади він зручний як український професор для "українізації" вищої освіти. Для нацистів — він зручний як слухняна людина нерадикальних вчинків. У певні моменти він був зручний для тих, кому потрібна була підтримка і допомога. На біографію Полянського цікаво подивитись з точки зору місця і ролі однієї людини, яка може стати елементом цілої системи, що працює на знищення, але своїми рішеннями і діями на своєму місці намагається допомогти іншим.
