З ініціативи та схвалення Митрополита, у греко-католицьких монастирях переховувалось близько 150 євреїв, зокрема дітей. У Другій Польській Республіці Шептицький користувався значним авторитетом як один з лідерів українського руху. Він підтримував тісні зв'язки з єврейськими лідерами, зокрема з рабином прогресивної синагоги у Львові, доктором Єзекеїлем Левіном. Шептицький врятував двох синів рабина Левіна, Курта та Натана. У монастирі студитів Львова він переховував рабина Давида Кахане, його дружину та доньку. До сьогодні, найбільше дискусій викликає той факт, що Митрополит Шептицький не визнаний Праведником народів світу, хоч його брат Климентій, який був залучений до організації мережі допомоги євреям, отримав це звання ще у 1995 році.
В Ізраїлі першим клопотання до Яд Вашем про присвоєння титулу Праведника Митрополиту подав врятований ним рабин Давид Кагане. Але, коли у 1981 році з цього питання було зібрано комісію, з 13 її членів двоє утрималися, 5 висловилися за присудження звання, 6 були проти. З того часу комісія збиралась ще декілька разів, проте консенсусу не було досягнуто. Серед головних причин відмови, вказується позиція Шептицького стосовно українського націоналістичного руху та співпраці з нацистами у часі Другої світової війни (зокрема, привітання ним “побідоносної німецької армії” у 1941 році та підтримка діяльності Дивізії військ СС “Галичина” через призначення греко-католицьких капеланів), а також можливий вплив таких рішень на поведінку вірян УГКЦ. Водночас, одними із найактивніших “адвокатів” присвоєння Шептицькому цього титулу залишаються врятовані Митрополитом євреї. Так, у листі, адресованому президенту Яд Вашем 24 листопада 2007 року, Курт Левін писав: "Вцілілі, серед них мій брат Натан Левін, сини Рабина Хамайдеса — професор Леон Хамайдес та професор Цві Барнеа, професор Адам Даніель Ротфельд, доктор Одд Амарант, пані Лілі Польман, покійний професор Подошин — усі вони докладають неймовірних зусиль для визнання митрополита Шептицького Праведником". У своїх зверненнях, вони підкреслюють передусім гуманістичні та християнські мотиви діяльності Шептицького. Варто зазначити, що Митрополитові посмертно було присвоєно ряд інших нагород та відзнак за порятунок євреїв.
Історики та дослідники спадщини Шептицького звертають увагу на потребу врахування складних обставин, в яких змушений був приймати суперечливі рішення Митрополит. Так фактором початкового сприйняття нацистської окупації як “меншого зла” став досвід радянських репресій у 1939–41 роках та антирелігійний характер комуністичної влади. Натомість, підтримка Шептицьким ідеї української державності спонукала до оцінки німців як можливих союзників у її розбудові. Важливим контекстом також є загальноєвропейська дискусія довкола позиції Католицької церкви щодо Голокосту — зокрема, критика пасивності офіційного Ватикану та Папи Пія XII щодо нацистської політики винищення євреїв. Усвідомивши масштаби нацистського терору, митрополит Шептицький був одним із небагатьох церковних лідерів вищого рангу, котрий наважився публічно виступити проти нього. Окрім відомого душпастирського послання “Не убий” (листопад 1942 р.), Шептицький також надсилав Папі Римському лист щодо нацистських злочинів в Галичині, та, за деякими свідченнями, писав Гайнріху Гіммлеру з протестом проти залучення українців до вбивств євреїв (оригінал листа не зберігся). Відомі також і інші випадки індивідуальної допомоги євреям з боку католицьких священиків у Львові. У 1943 році на вікарія Вірменської католицької церкви у Львові Діонісія Каєтановича донесли і він був заарештований Гестапо за видачу християнських метрик євреям. У справу втрутились митрополит Шептицький та папський нунцій, проте вікарія звільнили тільки після виплати хабаря у 120 000 злотих. Римо-католицьке духовенство також долучалось до діяльності ради допомоги євреям “Жегота” — зокрема виготовляючи фальшиві метрики про хрещення. Для цього передавали пусті бланки, інструкції як їх заповнювати, а також готові документи.
Водночас ставлення католицьких духівників до трагедії євреїв не було одностайним. Так, Курт Левін пригадував, що йому довелось змінити місце схову у грекокатолицькому монастирі на вул. Личаківський через спротив одного зі священиків:
Я провів два тижні в монастирі на Личакові. Одного дня отець Рафаїл повернувся з подорожі. Він одразу звернув на мене увагу і спостерігав за мною. Був
молодим священиком, добрим художником, який довго навчався за кордоном в університетах. Він був людиною західної культури і високого інтелекту.
На жаль, всі ці чесноти блідли перед обличчям несамовитого антисемітизму...
Він одразу викрив мене і зажадав, щоб мене негайно вигнали з монастиря.
Мотивував це тим, що повне знищення євреїв — воля Божа, а отже надання
допомоги є протестом проти неї. О. Марко і о. Тит зайняли зовсім протилежну
позицію, але о. Рафаїл погрожував доносом, тож їм довелося перевести мене
в інше місце.
(Кurt Lewin. Przeżyłem. Saga świętego Jura spisana w 1946)
Приклад Митрополита Шептицького та інших церковних очільників у період Другої світової війни відкриває складну дискусію про антиісторичності пастки (коли події минулого оцінюются на основі уявлень сьогодення), дилеми вибору, а також межі індивідуальної та колективної відповідальності духовних та політичних лідерів у часи загальної деморалізації та екстремального насилля.
