Однією з основних засад при втіленні плану нацистів з виокремлення, контролю та винищення євреїв було отримати підтримку неєврейського місцевого населення. Для цього нацисти використовували пропаганду. Перед початком Другої світової війни у структурі Міністерства народної освіти і пропаганди Німеччини було створено Східний відділ, основним завданням якого стала пропаганда боротьби з більшовизмом. Співробітники Східного відділу створили штаби для всіх мовних груп населення Радянського Союзу. Їхнім головним обов'язком було створення пропагандистських матеріалів та розповсюдження їх на окупованих територіях. У пропаганді використовували образ єврея-більшовика, українофоба, який не просто підтримав радянську владу, але й спричинився до масового вбивства українців чи поляків у 1939-1941 роках.
Образ єврея-більшовика був розповсюджений в Центрально-Східній Європі на основі антисемітської віри про єврейську змову, метою якою є володіння світом (так звані Мудреці Сіону). Євреї до війни у більшості становили віруюче та традиційне суспільство, яке вбачало у комуністичному атеїзмі загрозу. Відповідно їхня політична активність у вільних умовах була перш за все налаштована у некомуністичних напрямках, як, наприклад, досягненню рівності прав, культурної автономії чи створення єврейської держави у Палестині. Так було під час короткого періоду демократії у Росії у 1917 році, в Українській Народній Республіці та міжвоєнній Польщі.
У витоках стереотипу євреїв-комуністів лежить містична віра в те, що комунізм - це не просто політичний вибір, але бажання помститися неєвреям (християнинам), в якому помста є вроджена риса, а не історичним контекстом. Стереотип частково мав коріння у статистично більшій присутності осіб єврейського походження посеред радянської влади та Комуністичної Партії Польщі, яка однак ніколи не відображала політичних уподобань загалу єврейського населення. Високий відсоток євреїв серед комуністів треба пов'язувати з загальною вищою суспільною мобільністю та політичною активністю. Історики вказують на різні елементи, які стимулювали цю активність - як контекстові, так культурологічні. Як міське населення з традицією пошани до писемної культури, євреї мали полегшений доступ до освіти, яка є підставою для соціального авансу. В єврейській релігії важливу роль відіграє очікування месії, який принесе остаточний мир та справедливість євреям. У секулярній версії месіанізм проявляється підтримкою ідей, які гарантують безпеку єврейському населенню або декларують, що релігійні розподіли не мають значення: автономізм, сіонізм, лібералізм, соціалізм, комунізм. Підтримку для нових ідей зміцнюють давні суспільні бар'єри, як хоча б довгий брак повних громадянських прав.
Служба у радянській владі для євреїв була можлива тільки при умові відкидання релігійної ідентичності. Однак неєвреї в комуністичній партії не прийняли їх повністю. Спочатку вони дозволили створити єврейську секцію комуністичної партії, а пізніше знищили єврейських лідерів під час Великого Терору. Від цього моменту присутність євреїв у радянських службах була незначною також й на територіях Західної України. Радянська влада відновила довоєнні суспільні обмеження щодо можливості кар'єри євреїв. Влада не тільки дозволяла, але й змушувала їх до емансипації та суспільної видимості, але не у партійних структурах чи Народному комісаріаті внутрішніх справ (НКВС). Ця емансипація не захистила, однак, євреїв від переслідувань. На окупованих територіях євреї були статистично набагато частіше депортовані в Сибір у порівнянні з рештою населення та їхнє релігійне життя піддавалося репресіям. Антисемітський характер Радянського Союзу проявився вповні тільки після Другої світової війни.
Власне нацистська пропаганда скористалася яскравим образом єврея-більшовика, підкріпила це доказами у вигляді кіно- та фотохроніки та налаштувала місцеве неєврейське населення проти євреїв.
У ході вересневої кампанії 1939 року, одночасно з частинами Робітничо-селянської Червоної армії (РСЧА) Західною Україною просувались оперативні групи НКВС. Серед їхніх першочергових завдань було взяття під контроль в’язниць та перевірка виявлених у них в’язнів, захоплення архівів польських спецслужб, проведення арештів серед осіб, яких вважали потенційно вороже налаштованими щодо радянського режиму. У відповідних вказівках від 15 вересня 1939 року наголошувалось: "Опергрупам НКВС необхідно зайняти приміщення, що б відповідали потребам діяльності НКВС. Для утримання підслідних арештованих організуйте внутрішні в’язниці, забезпечивши їх охорону та обслуговування". У Львові такою внутрішньою в’язницею стала так звана тюрма на Лонцького – будівля, де до цього розміщувався слідчий відділ польської поліції та слідчий ізолятор при ній. Фактично з першого ж дня радянського панування у місті її камери почали заповнюватись новими в’язнями – членами легальних та нелегальних політичних організацій, громадськими активістами, релігійними діячами незалежно від їх етнічного походження. Вже станом на 28 вересня 1939 року по Львову було арештовано 124 особи, в числі яких колишні польські міністри Леон Козловський, Станіслав Грабський, Юліуш Тарнава-Мальчевський, один із лідерів Українського національно-демократичного об'єднання (УНДО) Володимир Целевич тощо. 6 листопада 1939 року, після офіційного включення Західної України до складу УРСР, у Львові було створено управління НКВС по Львівській області і його слідчий відділ розмістився в будівлі. В ході слідчих дій до в’язнів активно застосовували методи фізичного та психологічного тиску. Греко-католицька монахиня Олена Вітер, яка потрапила до тюрми на Лонцького у травні 1941 року, згадувала про примусове оголення та тортури електричним струмом. Член Організації українських націоналістів (ОУН) Богдан Казанівський, якого теж деякий час тут утримували, відзначав у спогадах, що "опінія про неї наводила страх на в'язнів".
Після нападу ІІІ Райху на СРСР перед НКВС постала дилема, що робити з переповненими в’язницями в містах, які перебували під загрозою швидкої нацистської окупації. В результаті було вирішено звільнити так званих "битовиків" (арештованих за побутові злочини), натомість розстріляти всіх політичних. В тюрмі на Лонцького масове вбивство розпочалось негайно, в ніч з 23 на 24 червня 1941 року. Вижити вдалося лише кільком в’язням, які заховались під тілами вбитих. Німецький дослідник Кай Струве, проаналізувавши дані про пізніші ексгумації, робить висновок, що всього у тюрмі на Лонцького було розстріляно 362 в’язнів, фактично всіх, кого там утримували. З цього числа 156 тіл було ексгумовано в липні 1941 року, ще 206 – у січні-березні 1942 р. Лише кільканадцять з них опізнали рідні. Решту похоронили в спільній могилі на Янівському цвинтарі.
Нацистська пропаганда, після виявлення тіл розстріляних політв’язнів, використала це як привід для провокування атак на євреїв міста. Тогочасні газетні публікації рясніли звинуваченнями в сторону "жидо-більшовиків", фактично покладаючи провину за злочини радянського режиму на усю єврейську громаду. Те, що серед розстріляних були також євреї, свідомо замовчували. Це стало однією з причин події, відомої в історіографії Голокосту під назвою Львівського погрому, в ході якого близько 200 євреїв вбили, кількість поранених, побитих, зґвалтованих, пограбованих встановити немає можливості, але мова йде про тисячі. Насправді Львівський погром був жахливою сумішшю масових вбивств, публічних знущань, примусової праці та інших проявів антиєврейського насильства, що паралельно відбувалися в різних міських локаціях. Їх винуватцями були німецькі військові та есесівці, співробітники щойно сформованої української міліції, кримінальні злочинці та пересічні львів’яни різного віку, статі та етнічного походження.
Тюрма на Лонцького стала одним із основних центрів здійснення антиєврейського насильства під час Львівського погрому. Події, що відбувалися у ній та на сусідніх вулицях були добре задокументовані, в тому числі на фото- та кіноплівці. Впродовж 1 липня 1941 року сюди погромники зганяли зі всього міста євреїв, яких затримували на вулицях або й у їх власних помешканнях. По дорозі вони зазнавали фізичного та психологічного насильства. На території в’язниці їх змушували виносити тіла розстріляних політв’язнів, при цьому продовжували жорстоко лупцювати. Вже у січні-березні 1942 року на території в'язниці було ексгумовано 24 тіла євреїв. Найімовірніше, йшлося саме про жертв Львівського погрому.
Упродовж подальшого періоду нацистської окупації тут діяла в’язниця, підпорядкована управлінню командира поліції безпеки та СД в дистрикті "Галичина" (Kommandeur der Sicherheitspolizei und des SD im Distrikt Galizien) – головного нацистського карального органу регіону. Постійно в ній утримувалось близько 600 в'язнів – євреїв та тих, хто їм допомагав, учасників антинацистського спротиву тощо. Звідси їх депортували до нацистських концтаборів або щопонеділка та щочетверга вивозили до місць розстрілу. Паралельно в'язничний двір неодноразово використовували як місце збору євреїв перед їх масовим вбивством. Приміром, 25-26 липня 1941 року під час так званих «днів Петлюри», або в листопаді-грудні 1941 року під час "акції під мостом" в рамках примусового переселення львівських євреїв до гетто.
Деякі євреї перебували в тюрмі на Лонцького довший період, оскільки їх використовували у якості в’язничної обслуги. Приміром, їх змусили вимостити внутрішнє подвір’я мацевами зі старого єврейського цвинтаря. Відоме також ім’я в’язничного лікаря-єврея Леопольда Бодека. З 26 жовтня 1941 року тут почали утримувати єврейських кваліфікованих робітників, які змушені були працювати для потреб поліції безпеки та СД. У липні 1944 року, напередодні вступу до міста Червоної армії, більшість із них розстріляли на в’язничному подвір’ї, після чого тіла вивезли у невідомому напрямку. Деякі кваліфіковані робітники натомість були евакуйовані разом зі співробітниками поліції безпеки та СД до Кракова. В цьому ракурсі саме про тюрму на Лонцького можемо говорити як про місце, де розпочався та закінчився Голокост львівських євреїв.
Одразу ж після повернення радянської влади в’язничні камери почали заповнювати реальними та уявними супротивниками режиму. Тут розмістився слідчий відділ та ізолятор НКВС (потім – Національного комітету державної безпеки (НКДБ), Міністерства державної безпеки (МДБ), Комітету державної безпеки (КДБ). Особливо активно в’язниця діяла під час боротьби з українським націоналістичним підпіллям у 1940-1950-х роках. У 1960-1980-х роках тут утримували відомих дисидентів В’ячеслава Чорновола, братів Михайла та Богдана Горинів, Івана Геля тощо.
Для сучасної меморіалізації в’язничного приміщення та території навколо нього характерна маргіналізація пам’яті про нацистське насильство та Голокост зокрема. На будівлі у різний час встановлено три меморіальні дошки. Дві з них в пам’ять про членів ОУН Михайлину Кизимович та Григорія Голяша, які загинули тут у післявоєнний період. Третя містить наступний напис: "Пам’яті жертв НКВД-Гестапо-МДБ 1939-1953 років", що фактично є змішуванням радянського та нацистського періодів функціонування в’язниці. У 1997 році на площі Шашкевича, навпроти колишнього в’язничного приміщення, відкриди пам’ятник "Жертвам комуністичних злочинів".
Із 2009 року у колишньому в’язничному приміщенні почав діяти Національний музей-меморіал жертв окупаційних режимів "Тюрма на Лонцького", який спершу перебував у віданні Служби безпеки України, а в 2011 році переданий до підпорядкування Міністерства культури України. Експозиція музею головним чином зосереджена на презентації історії радянського насильства та українських націоналістах як його жертвах. Історія Голокосту та нацистського окупаційного режиму загалом фактично не представлена. З огляду на це музей не раз ставав об’єктом критики з боку як академічних дослідників, так і ЗМІ, що однак не вплинуло на перегляд його концептуального спрямування та тематичного доповнення експозиції.
